Woran erkennt man welche corona variante man hat

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Ansteckendere Variante des Virus in Großbritannien

Habe ich das „normale“ Coronavirus oder die Mutation?

01:08 min

Experte Dr. Zinn zu Mutationen

Kann man erkennen, welche Corona-Variante man hat?

21. Dezember 2020 um 16:59 Uhr

Kann man als Laie erkennen, ob man die ansteckendere Variante hat?

Ist die Mutation wirklich gefährlicher?

„Dass Viren mutieren, sich verändern, im Laufe ihrer Lebensdauer, ist absolut normal“, erklärt Dr. Zinn im RTL-Interview. „Gerade auch beim Coronavirus, das eigentlich ein sehr langsam mutierendes Virus ist (z. B. im Vergleich zur Grippe), haben wir jetzt schon mehrere tausend Mutationen festgestellt.“ Aber wir stellt man als Laie fest, ob man an der neuen, ansteckenderen Variante erkrankt ist?

„Das merkt man gar nicht“, so der Experte. „Das ist eine Infektion wie jede andere auch, jetzt für den, der infiziert ist. Die gute Nachricht ist, dass das Virus nicht gefährlicher ist, also schwerere Erkrankungen oder schwerere Lungenentzündung macht. Es ist tatsächlich ‘nur’ leichter zu verbreiten.“

Dadurch ist es gerade jetzt besonders wichtig, sich an die geltenden Kontaktbeschränkungen und Hygieneregeln zu halten. Auch an den Feiertagen sollten Kontakte auf ein absolutes Minimum begrenzt werden!

Wie merken Experten, welche Virus-Variante im Umlauf ist?

Normalerweise werde nicht routinemäßig getestet, ob ein Patient nun an der einen oder anderen Variante des Coronavirus infiziert ist. „Da guckt man nur: Sars-CoV-2-Infektion – ja oder nein?“, erklärt Zinn uns. Allerdings gebe es in Deutschland sogenannte nationale Referenzzentren, Spezialisten-Labore, die die neuen Virusstämme kontinuierlich beobachten. „Das für Corona ist bei Herrn Drosten in der Charité in Berlin“, so Zinn. „Es gibt eben wie gesagt mittlerweile mehrere tausend Varianten vom Coronavirus, wo aber wirklich nur wenige tatsächlich für die Ansteckungsfähigkeit eine Rolle spielen.“

Ist die neue Corona-Mutation bereits in Deutschland? Das erklärt Dr. Georg-Christian Zinn hier!

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VIDEO: Wie gefährlich ist die neue Mutation?

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Experte Prof. Ulrichs schätzt ein

Wie gefährlich ist die neue Corona-Mutation?

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Änderungen gegenüber der Version vom 2.9.2021: Neu: "Spezielle Hinweise zu Delta und Delta-Sublinien" und "Spezielle Hinweise zu Omikron"

Hintergrund

Variantenspezifische PCR-Testungen werden verwendet, um bereits definierte Virusvarianten (bspw. Delta oder Omikron) frühzeitig zu erkennen und zu erfassen. Dabei werden spezifische Mutationen mittels PCR erfasst, welche für Aminosäure-Austausche (bspw. P681R) oder/und Deletionen (bspw. Del157), meist innerhalb des Spikeproteins des Virus, verantwortlich und für relevante Viruslinien charakteristisch sind.

Fragestellung

Eine zentrale Frage besteht darin, welche Aminosäure-Austausche, Deletionen und auch Kombinationen charakteristisch für eine bestimmte Virusvariante sind und sich deshalb für den Nachweis einer Viruslinie eignen. Diese Informationen werden aktuell aus der Fachliteratur und öffentlichen Datenbanken (bspw. www.outbreak.info) abgeleitet, spiegeln dann jedoch nicht zwangsläufig die aktuelle Lage in Deutschland hinsichtlich zirkulierender Virusvarianten und deren Verteilung wieder.

Datengrundlage

Seit Anfang des Jahres 2021 werden SARS-CoV-2-Vollgenom-Sequenzen aus Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Diese Sequenz-Daten werden am RKI gesammelt, geprüft, analysiert und in öffentlichen Repositorien (bspw. Zenodo) dem wissenschaftlichen Fachpublikum zur Verfügung gestellt. Zusätzlich erfolgt am RKI täglich eine Annotation der Virusvarianten und Berechnung von Mutationsprofilen. Diese Daten liegen bspw. dem wöchentlichen „Variant of Concern“ VOC-Bericht zu Grunde, können aber auch verwendet werden, um charakteristische Aminosäure-Austausche und Deletionen und deren Verteilung in Bezug auf aktuell zirkulierende Virusvarianten in Deutschland zu bestimmen.

Berechnung und Interpretation

Grundsätzlich kann das Vorkommen von Mutationen sowie deren Häufigkeit unter den in Deutschland zirkulierenden Viruslinien für einen definierten Beobachtungszeitraum (bspw. 6 Wochen) ermittelt werden, um darauf basierend charakteristische Mutationen oder Mutationsmuster für VOC und VOI abzuleiten. Diese Berechnungen erfolgen, indem für eine bereits definierte Virusvariante (bspw. Delta) die Anzahl der beobachtbaren Mutationen oder Mutationsmuster, die zu Aminosäure-Austauschen oder Deletionen führen, durch die Gesamtanzahl aller Sequenzen dieser Virusvariante, jeweils bezogen auf den Beobachtungszeitrum, geteilt werden. Daraus ergibt sich ein prozentualer Anteil für jede Mutation oder jedes Mutationsmuster für relevante VOC und VOI. Die Ergebnisse werden in Tabellenform aufgetragen und können dabei helfen, die Linienspezifität von Mutationen und Mutationsmustern und folglich die Eignung dieser Mutationen für den PCR-basierten Nachweis einer Virusvariante besser einschätzen zu können. Die Tabelle wird in regelmäßigen Abständen und basierend auf dem aktuellen Infektionsgeschehen aktualisiert.

Hinweise zur Ergebnis-Verwendung

Die berechneten Häufigkeiten sind immer in Bezug auf den definierten Beobachtungszeitraum und die in diesem Zeitfenster gesammelten Sequenz-Daten zu interpretieren. Entsprechend können mit Hilfe der Tabelle keine Aussagen über Virusvarianten getroffen werden, die im definierten Zeitraum in den Sequenz-Daten nicht gefunden werden können. Da sich durch die Definition von Unterlinien die Nomenklatur der Viruslinien kontinuierlich anpasst, gibt in der Tabelle die Zeile „Main lineage“ die Beziehung zwischen Unterlinien (wie bspw. AY.1) und der nächsten Vorgängerlinie, die als VOC definiert ist (wie bspw. B.1.617.2, Delta), an. Außerdem gilt zu beachten, dass bestimmte Virusvarianten seltener auftreten als andere. Dafür zeigt die Tabelle in der Zeile „Number of sequences detected“, wie häufig die jeweiligen Virusvarianten im Beobachtungszeitraum beobachtet werden konnten. Die Summe aller weiteren im Beobachtungszeitrum detektierten Virusvarianten, die nicht als VOC oder VOI definiert sind, werden in der Tabellenspalte „Others pooled“ angegeben. Der Beobachtungszeitraum definiert den Entnahmezeitraum aller berücksichtigten Proben, für die Sequenzdaten via DESH an das RKI übermittelt wurden. Es sei darauf hingewiesen, dass die Qualität der berücksichtigten Sequenz-Daten sowie algorithmische Eigenheiten bei der Genomrekonstruktion (z.B. bei der Detektion und Lokalisation von Deletionen innerhalb der Genome) Einfluss auf die abgeleiteten Mutationsprofile und damit den gezeigten Häufigkeiten haben. Die zugrunde liegenden bioinformatischen Programme werden stetig weiterentwickelt, optimiert und an sich ändernde Parameter der verwendeten Sequenziertechnologien und Laborprotokolle angepasst. Auch der Prozess der sequenzbasierten Viruslinien-Bestimmung basierend auf dem Pangolin-Schema ist dynamisch und unterliegt kontinuierlicher Weiterentwicklung.

Anwendungsbeispiel

Im Beobachtungszeitrum vom 12. Juli 2021 bis einschließlich 26. August 2021 wurden insgesamt 22,004 SARS-CoV-2 Vollgenom-Sequenzen an DESH übermittelt und nach Qualitätsprüfung für weitere Analysen verwendet. Diese umfassen, nach Viruslinien-Zuordnung, 9,259 Delta Sequenzen (B.1.617.2, ohne Sublinien) und 295 Alpha Sequenzen (B.1.1.7, ohne Sublinien). Der exemplarische Tabellenausschnitt in Abb.1 zeigt, dass in 99% der Delta-Virusvarianten der Aminosäure-Austausch P681R erkannt werden kann, jedoch in keiner der im Beobachtungszeitraum betrachteten Alpha-, Beta- und Gamma-Virusvarianten. Hierbei ist jedoch zu beachten, dass die Daten für Beta (B.1.351) auf nur zwei Sequenzen beruhen die im definierten Zeitraum detektiert werden konnten. Für die VOI Epsilon (B.1.427) kann keine Aussage getroffen werden, da im definierten Zeitraum keine Sequenz-Daten B.1.427 zugeordnet werden konnten. Der exemplarische Tabellenausschnitt verdeutlicht weiterhin, dass P681R in keiner anderen VOC oder VOI im Beobachtungszeitraum gefunden werden kann, jedoch aber in 7% der 110 Sequenzen, die aktuell keiner VOC oder VOI zuzuordnen sind.

Spezielle Hinweise zu Delta und Delta-Sublinien

Da in der Pangolin-Nomenklatur immer mehr Sublinien zu Delta (bezeichnet mit dem Präfix „AY“) definiert werden, wurde die Tabelle auf eben solche Delta-Sublinien beschränkt, die zum Erhebungszeitpunkt auch häufiger in Deutschland detektiert werden. Alle weiteren Delta-Sublinien werden mit unter „Others pooled“ zusammengefasst.

Spezielle Hinweise zu Omikron

Aktuell niedrigere Frequenzen für eigentlich als charakteristisch für Omikron beschriebene Aminosäure-Austausche können unter anderem auf Sequenzier- und Genomrekonstruktions-Fehler zurückzuführen sein (beispielsweise bekannter Amplikon-Ausfall der zu niedrigeren Frequenzen an den Spike Positionen K417N, N440K und G446S führt). Weiterhin ist beim Primer-Design zu beachten, dass gerade in Omikron gehäuft nah beieinander liegende Aminosäure-Austausche vorkommen (z.B. S:N501Y und Umgebung), was zu zusätzlichen Bindungs- und damit Detektionsschwierigkeiten führen kann. Aufgrund der hohen Sequenzvariabilität des Spikegens kann man also nicht sicher davon ausgehen, dass bereits etablierte Assaysysteme (z.B. zum Nachweis der N501Y Substitution in Alpha) einen zuverlässigen Nachweis von Mutationen in der Omikron-Variante ermöglichen. Eine Überprüfung der Primer- und Sondensequenzen wird daher angeraten. Mit mehr verfügbaren Omikron-Sequenzen wird sich auch diese Übersicht weiter verbessern.

Abbildung 1. Exemplarischer Tabellenausschnitt für eine Auswahl von VOC und VOI mit der Gesamtanzahl an detektierter Virusvarianten im Beobachtungszeitrum vom 12. Juli 2021 bis einschließlich 26. August 2021 sowie den prozentualen Anteilen des Aminosäure-Austausches P681R an den gezeigten Virusvarianten.

Stand: 08.11.2022

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Woher weiß ich welche Variante?

Eine Untersuchung auf eine Virusvariante kann mit dem „normalen“ PCR-Test beim Labor beauftragt werden oder im Nachgang, wenn ein positives Ergebnis vorliegt. Informationen über die Form der Beauftragung sind über das beauftragte Labor zu erhalten.

Ist SARS

Omikron hat im Vergleich zum ursprünglichen SARS-CoV-2 eine hohe Anzahl von Mutationen. Darunter sind Mutationen, von denen bekannt ist, dass sie die Übertragbarkeit des Virus erhöhen. Bei manchen Mutationen ist die Bedeutung jedoch noch unklar. Von Omikron sind mehrere Untervarianten bekannt.

Wie lange ist Omikron ansteckend?

Das Ansteckungsrisiko ist in der Zeit kurz vor und nach Symptombeginn am größten und wird im Laufe der Erkrankung geringer. Bei milder bis moderater Erkrankung geht die Ansteckungsfähigkeit zehn Tage nach Beginn der Krankheitszeichen deutlich zurück.